Seksi Penanganan Sampah mempunyai tugas dan fungsi sebagai berikut:
- menyusun program kegiatan Seksi Penanganan Sampah;
- menyiapkan bahan perumusan petunjuk teknis Penanganan Sampah;
- membagi tugas kepada bawahan sesuai dengan bidang tugasnya dan memberi petunjuk/arahan baik secara lisan maupun tertulis;
- merumuskan kebijakan penanganan sampah;
- melaksanakan koordinasi pemilahan, pengumpulan, pengangkutan dan pemrosesan akhir sampah;
- menyediakan sarana dan prasarana penanganan sampah;
- memungut retribusi atas jasa layanan pengelolaan sampah;
- menetapkan lokasi tempat TPS, TPST dan TPA sampah;
- melakukan pengawasan terhadap tempat pemrosesan akhir dengan sistem pembuangan open dumping;
- menyusun dan melaksanakan sistem tanggap darurat pengelolaan sampah;
- melaksanakan kerjasama dengan kabupaten lain dan kemitraan dengan badan usaha pengelola sampah dalam menyelenggarakan pengelolaan sampah;
- mengembangkan investasi dalam usaha pengelolaan sampah;
- menyusun kebijakan perizinan pengolahan sampah, pengangkutan sampah dan pemrosesan akhir sampah yang diselenggarakan oleh swasta;
- melaksanakan perizinan pengolahan sampah, pengangkutan sampah dan pemrosesan akhir sampah yang diselenggarakan oleh swasta;
- menyampaikan saran dan pertimbangan kepada atasan baik secara lisan maupun tertulis;
- melaksanakan pengawasan, pemantauan dan evaluasi Penanganan Sampah;
- melaksanakan tugas kedinasan lain yang diberikan atasan sesuai tugasnya;
- membuat laporan pelaksanaan tugas.