Seksi Pengendalian Pencemaran mempunyai tugas dan fungsi sebagai berikut:
- menyusun program kegiatan Seksi Pengendalian Pencemaran;
- menyiapkan bahan perumusan petunjuk teknis Pengendalian Pencemaran;
- membagi tugas kepada bawahan sesuai dengan bidang tugasnya dan memberi petunjuk/arahan baik secara lisan maupun tertulis;
- melaksanakan pemantauan sumber pencemar institusi dan non institusi;
- melaksanakan penanggulangan pencemaran (pemberian informasi, pengisolasian serta penghentian) sumber pencemar institusi dan non institusi;
- melaksanakan pemulihan pencemaran (pembersihan, remidiasi, rehabilitasi dan restorasi) sumber pencemar institusi dan non institusi;
- menentukan baku mutu sumber pencemar;
- mengembangkan sistem informasi kondisi, potensi dampak dan pemberian peringatan akan pencemaran atau kerusakan lingkungan hidup kepada masyarakat;
- menyusun kebijakan pembinaan terhadap sumber pencemar institusi dan non institusi;
- melaksanakan pembinaan terhadap sumber pencemar institusi dan non institusi;
- melaksanakan pembinaan tindaklanjut rekomendasi hasil evaluasi sumber pencemar institusi dan non institusi;
- melaksanakan ekowisata dan jasa lingkungan di kawasan konservasi;
- melaksanakan konservasi daerah penangkapan air dan sumber-sumber air;
- melaksanakan program penataan, pengembangan dan pemeliharaan Ruang Terbuka Hijau (RTH) dan Pertamanan Kota.
- menyampaikan saran dan pertimbangan kepada atasan baik secara lisan maupun tertulis;
- melaksanakan pengawasan, pemantauan dan evaluasi Pengendalian Pencemaran;
- melaksanakan tugas kedinasan lain yang diberikan atasan sesuai tugasnya;
- membuat laporan pelaksanaan tugas.