Seksi Pemantauan Lingkungan mempunyai tugas dan fungsi sebagai berikut:
- menyusun program kegiatan Seksi Pemantauan Lingkungan;
- menyiapkan bahan perumusan petunjuk teknis Pemantauan Lingkungan;
- membagi tugas kepada bawahan sesuai dengan bidang tugasnya dan memberi petunjuk/arahan baik secara lisan maupun tertulis
- melaksanakan pemantauan kualitas air, udara dan tanah;
- melaksanakan pemantauan kualitas lingkungan pesisir dan laut;
- melaksanakan penentuan baku mutu lingkungan;
- menyiapkan sarana dan prasarana pemantauan lingkungan (laboratorium lingkungan);
- melaksanakan pengelolaan rehabilitasi terumbu karang, mangrove, padang lamun, estuaria dan teluk.
- melaksanakan penyelamatan dan perlindungan sumber mata air, DAS dan Danau;
- melaksanakan pemantauan kualitas lingkungan;
- melaksanakan pembinaan dan sosialisasi tentang kualitas lingkungan berdasarkan hasil uji laboratorium;
- menyiapkan bahan pelaksanaan evaluasi dan pelaporan hasil pemantauan;
- menyampaikan saran dan pertimbangan kepada atasan baik secara lisan maupun tertulis;
- melaksanakan pengawasan, pemantauan dan evaluasi Pemantauan Lingkungan;
- melaksanakan tugas kedinasan lain yang diberikan atasan sesuai tugasnya;
- membuat laporan pelaksanaan tugas.